Cardona trabajó en la dirección del equipo de Consejos Superiores y Directivos, coordinó la representación del Ministerio en todas las instituciones de educación superior oficiales. Desde ese cargo, definió una línea base de acción encaminada a fortalecer la gobernabilidad, la calidad académica y la excelencia en la gestión de las Instituciones de Educación Superior púbicas del país.
Antes de llegar al Ministerio de Educación, se desempeñó como director de Empleo, Trabajo y Emprendimiento y director Administrativo y Financiero en el Servicio Nacional de Aprendizaje (SENA), cargos desde los cuales impulsó los procesos de modernización y eficiencia administrativa de la institución.
Entre otros logros, con su experiencia aportó cambios administrativos y financieros para la gestión de las herramientas con las que contaba el Sena, fortaleciendo sus procesos de ejecución, seguimiento y control a proyectos desde su etapa de estructuración, así como la adopción e implementación de políticas y procesos tendiente a la articulación y mejoramiento del relacionamiento empresarial con el sector productivo colombiano, en busca de mayores oportunidades para la población trabajadora de Colombia contribuyendo de esta forma al desarrollo social, económico y tecnológico del país.
Cardona Acosta ha sido director Administrativo y Financiero del Colegio Americano de Bogotá, Asesor del Senado de la República y Asesor de la Personería de Medellín. En todos estos cargos tuvo responsabilidades de dirección estratégica y técnica.
Francisco Javier Cardona Acosta es contador público de la Universidad Autónoma Latinoamericana de Medellín; cuenta con una especialización en revisoría fiscal, de la Universidad de Medellín, tiene Maestría en Gestión de Organizaciones, de la EAN y la Universidad de Quebec (Canadá), y Maestría en Administración de Negocios MBA, del Inalde. Además participó del Advanced Manager Program del IE Business School (Madrid, España) y en Corporate Governace Program de la Universidad de Yale Scohool of Management.
Desde su nueva posición como viceministro, Cardona estará a cargo de promover los distintos programas y estrategias que sigue el Ministerio para fortalecer una educación superior de calidad que permita alcanzar la meta de hacer de Colombia el país mejor educado de América Latina en 2025.