MinSalud reglamenta nuevo sistema integral de información financiera
Mediante un decreto, la entidad definió los controles de vigilancia de los recursos a partir de octubre.

El Ministerio de Salud definió la estructura, los módulos y el funcionamiento del Sistema Integral de Información Financiera y Asistencial (SIIFA), una plataforma diseñada para garantizar mayor transparencia, trazabilidad y eficiencia en el flujo de recursos dentro del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS).
El documento señala que ese programa será de implementación obligatoria para todos los agentes del sector salud, incluyendo Entidades Promotoras de Salud (EPS), Administradora de los Recursos del Sistema (ADRES), prestadores de servicios, proveedores de tecnologías médicas, fabricantes e importadores de medicamentos y dispositivos médicos.
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De acuerdo con la resolución, el SIIFA funcionará como un portal electrónico y transaccional que permitirá registrar contratos, facturas electrónicas, devoluciones, glosas, pagos y notas de ajuste, además de la definición de saldos en discusión.
“Este mecanismo busca agilizar la transmisión de información financiera, acelerar el flujo de recursos y facilitar las labores de inspección, vigilancia y control de la Superintendencia Nacional de Salud”, señala la resolución.
El Ministerio de salud destacó que el sistema contribuirá a reducir la opacidad en los procesos de contratación y pago, mejorar la gestión de glosas y garantizar la trazabilidad de cada transacción realizada en el sistema de salud.
En la resolución firmada por el ministro Guillermo Alfonso Jaramillo, detalla las obligaciones de cada participante:
- EPS y demás pagadores: deberán registrar en el SIIFA la información sobre contratos, radicación de facturas, auditorías y pagos.
- Prestadores y proveedores de tecnologías: deberán reportar respuestas a glosas, devoluciones y registrar la aceptación o rechazo de contratos.
- ADRES: deberá transmitir la información sobre giros y pagos realizados, especialmente los correspondientes al giro directo.
- Superintendencia Nacional de Salud: tendrá acceso al sistema para ejercer sus funciones de control.
- Se estableció que este sistema SIIFA se pondrá en marcha de manera progresiva en dos fases:
- Fase I: Implementación de funcionalidades básicas, como el registro de contratos y la interoperabilidad con facturación electrónica y RIPS.
- Fase II: Estabilización e incorporación de funcionalidades complementarias, incluyendo módulos de seguimiento a facturas y pagos.
El cronograma iniciará de forma oficial en octubre de 2025 con un primer grupo de EPS (entre ellas Sura, Sanitas, Compensar, Salud Total, Capital Salud, entre otras), y continuará en 2026 con el resto de entidades, incluyendo la Nueva EPS, Coosalud, Emssanar, Savia Salud y otros pagadores como aseguradoras de SOAT y regímenes especiales.
El Ministerio aseguró que el sistema contará con altos estándares de seguridad informática, esquemas de autenticación por roles de usuario, infraestructura de respaldo en la nube y mecanismos de recuperación ante desastres.
“Además, se habilitará una mesa de ayuda para soporte técnico y capacitaciones dirigidas a todos los agentes del sector”, subrayó.
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Finalmente, la resolución establece que la Superintendencia Nacional de Salud será la entidad encargada de verificar el cumplimiento de estas disposiciones y de imponer las sanciones correspondientes en caso de incumplimiento.