Esta vez las Tortugas Ninja contarán con el apoyo de un par de aliados; se trata de April O´Neil y Casey Jones, personificados por los actores Megan Fox y Stephen Amell, respectivamente.
De está manera; Donatello, Rafael, Leonardo y Miguel Ángel en compañia de sus nuevos socios de aventura, le harán frente al terror sembrado por Shredder y Baxter Stockman y sus seguidores Bebop y Rocksteady, quienes trataran de generar situaciones dificiles para las Tortugas, más aún cuando haga presencia el temerario Krang.