La última semana de noviembre de 2025 ha sido una de las más críticas para el gobierno Petro, durante lo corrido de su mandato. El domingo 23 se publicó una presunta relación entre miembros del ejército y funcionarios del DNI con disidentes de las Farc lideradas por alias Calarcá. De acuerdo con la publicación de Noticias Caracol, el general Juan Miguel Huertas y Wilmar Díaz habrían proporcionado información clave de cara a ejercicios que se realizarían en contra de este grupo armado.
Por otra parte el Consejo Nacional Electoral confirmó un fallo que afectó a la campaña del hoy presidente Gustavo Petro. De acuerdo con la entidad, se superaron los topes establecidos por ley y recurrieron a fuentes prohibidas. Aunque el mandatario se ha defendido vía X, afirmando no estar de acuerdo con la decisión del consejo y argumentando como falsa la publicación del medio citado anteriormente, lo cierto es que el primer gobierno de izquierda has estado envuelto en diferentes polémicas
Con relación a grupos criminales, el gobierno de Gustavo Petro estuvo envuelto en una polémica cuando, luego de que "El Mocho Olmedo", líder del frente 33 de las disidencias de las Farc, se entregara, no fuera dirigido a una celda para que se llevara a cabo su proceso de extradición, dado que en Estados Unidos lo requerían para que cumpliera condena en Norteamérica. No obstante, Olmedo fue designado como gestor de paz y estuvo viviendo en un apartamento en Bogotá bajo la protección de la Dirección Nacional de Inteligencia durante meses.Luego de que estallara el escándalo, revelado por medios, el delincuente fue enviado a La Picota.
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Títulos falsos, abuso de poder y aliados que se convirtieron en contradictores
Durante el segundo semestre de 2025, el nombre de Juliana Guerrero y la Fundación Universitaria San José estuvieron en boca del país cuando, luego de que el medio Cambio denunciara que la mujer de apenas 23 años de edad se movía entre los grupos de poder de la Presidencia y utilizara helicópteros y aviones para viajes personales. Lo anterior, luego de que el propio presidente la presentara en medio de un consejo de ministros televisado. Petro la defendió y la postuló para que ocupara un viceministerio, pero todo se vino abajo cuando se descubrió que Guerrero no solo no presentó la prueba Ecaes, requisito obligatorio para graduarse, sino que además, y esto de acuerdo a la propia entidad educativa, no estudió.
El caso Marelbys Meza revivió los recuerdos de las chuzadas, luego de que la hoy embajadora en Reino Unido, Laura Sarabia, denunciara la pérdida de USD $7.000 en su hogar. Meza, que por entonces era niñera del hijo de la funcionaria, fue obligada a realizarse pruebas de poligrafía por miembros de la Policía Nacional y sus comunicaciones fueron interceptadas. Tal impacto causó el caso que, en medio de las investigaciones con respecto a este hecho, el coronel Óscar Dávila, que fungía como coordinador de protección anticipada, se suicidó en su vehículo en las calles de Bogotá.

Exfuncionarios que se convirtieron en enemigos políticos
Álvaro Leyva, que será imputado por prevaricato por parte de la Fiscalía General de la Nación, y que ya fue sancionado por la Procuraduría General de la Nación con diez años de inhabilidad, llevó a cabo las órdenes del presidente Petro en medio de la crisis de los pasaportes. Cabe recordar que Petro no quería renovar el contrato con Thomas Greg and Sons y ordenó que se realizarán nuevos procesos de selección para dar un contrato a una empresa diferente. El excanciller luego se fue en contra del hoy mandatario e incluso llegó a hablar de adicciones de Petro y El País reveló audios en los que "planeaba" un golpe de estado contra el presidente.
Por otra parte, Luis Carlos Reyes, que ejerció como director de la Dian, denunció presiones para que posicionara a ciertas personas en cargos altos de la entidad que dirigía. Con chats en mano y la denuncia de que se reunió con la expareja de Roy Barreras, le habrían dado hojas de vida para cumplir tales insinuaciones.
Bombardeos y las jugadas de Juan Fernando Petro
A mediados de Noviembre de 2025, se denunció el fallecimiento de menores de edad en medio de acciones del ejército Nacional contra campamentos de disidentes de las Farc en la región amazónica del país. Aunque el número no está definido, se tiene la cuenta de, por lo menos 17 colombianos jóvenes que fueron dados de baja luego de que el presidente ordenara ataques aéreos.
La defensoría del Pueblo solicitó acabar los ataques, pero Petro indicó que continuaría con las acciones en contra de alias 'Iván Mordisco'.
El hermano del presidente, Juan Fernando Petro, en medio de la campaña política para llevar a Gustavo al poder, visitó en la cárcel a diferentes líderes políticos para ofrecerles mejores condiciones si apoyaban al hoy primer mandatario. Ambos negaron los hechos. Pero Juan Fernando, además, también habría solicitado puestos en la Dian, de acuerdo con denuncias del ya mencionado Luis Carlos Reyes.
Benedetti y Estados Unidos
Armando Benedetti cuenta con una serie de investigaciones en su contra por diferentes casos, como el de Fonade. También se le buscan vínculos con Euclides Torres, por la adquisición de una lujos mansión en el norte de Colombia. Fue incluido en la lista Clinton junto con el presidente el 24 de octubre de 2025.
En cuanto a este último punto, el presidente, su esposa y su hijo Nicolás fueron incluidos en la infame lista, luego de que Trump y el mandatario colombiano tuvieran varios rifirrafes. Para Trump, Petro ayuda a que el narcotráfico crezca en la región.