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La captura se dio dentro de la investigación que se sigue por el magnicidio del líder del M-19 y dirigente político Carlos Pizarro, ocurrido el 26 de abril de 1990.
La detención fue ordenada por un fiscal adscrito al a Unidad Nacional de Análisis y Contexto, quien coordina este investigación.
La captura se produjo en las instalaciones del propio Bunker de la Fiscalía, luego de que Gómez Muñoz llegó a trabajar al Cuerpo Técnico de Investigación tras cumplir sus vacaciones.
Según las investigaciones, Gómez Muñoz, para la época de los hechos, era escolta de Pizarro y permaneció junto al líder político a bordo del avión de Avianca en el momento en que fue víctimas del atentado o parte de un sicario de 22 años.
De acuerdo con el expediente de la Fiscalía, el entonces escolta del DAS fue quien reaccionó del esquema de seguridad de Pizarro y disparó contra el joven sicario, el cual murió al instante.
Luego de 26 años de investigaciones, la Fiscalía encontró aparentes inconsistencias en la actuación de Gómez Muñoz que, presuntamente, lo involucrarían con un plan criminal para silenciar al sicario.
Pizarro fue asesinado poco después de que despegará el avión que desde el aeropuerto El Dorado, de Bogotá, se dirigía a Barranquilla, Atlántico.
Por estos mismo hechos, la Fiscalía llamó a indagatoria a Manuel Antonio González, exdirector de Protección del DAS (hoy acusado por la Fiscalía General de la Nación por el homicidio de Luis Carlos Galán Sarmiento); Flavio Trujillo Valenzuela, jefe de la Sección de corporaciones Públicas de la Dirección de Protección del DAS, y Elías Hernando Salas Barco, Suboficial del Ejército, quien se había convertido en hombre de confianza de Carlos Castaño Gil.
En relación con este proceso, también fueron condenados en 2002 como autores intelectuales, a una pena de 24 años de prisión, los extintos Fidel y Carlos Castaño Gil, máximos jefes de las Autodefensas.
