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Según fuentes de la Fiscalía, se intenta establecer si funcionarios de la Seccional de la capital de Antioquia habrían permitido que se sostuvieran esos encuentros, por lo que se inició una investigación para esclarecer los hechos.
De acuerdo con las labores de inteligencia desplegadas por los investigadores de la Fiscalía, Villegas contactaba a los jefes de la Oficina de Envigado que estaban presos en la cárcel de máxima seguridad de Combita, para que fueran trasladados al búnker de la Fiscalía de Medellín en donde se llevaban a cabo las reuniones en las que se perfilaría la estrategia de sometimiento a la justicia.
Entretanto, la Fiscalía investiga un supuesto complot liderado por Villegas en contra del exdirector Seccional de Medellín Germán Giraldo, con la finalidad de que fuera declarado incompetente por no tener los elementos para informar sobre una presunta amenaza de 'Pedro Pistolas' en contra del alcalde Federico Gutiérrez.
La Fiscalía General por último, no descartó que sobre el caso de Villegas se soliciten ante jueces de la República nuevas órdenes de captura de personas implicadas en ese escándalo en Medellín.
