Montealegre afirmó que "el Tribunal no tendrá competencia sobre las personas que tengan fuero constitucional especial; los actos realizados por un expresidente durante el ejercicio del cargo tienen una garantía constitucional, sin ser juzgados por la Corte Suprema de Justicia o en juicio político ante el Congreso en pleno.
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Según el fiscal, "esta garantía no se pierde en la justicia transicional, podrían ir a justicia transicional las graves violaciones a los derechos humanos, cometidas antes o después del ejercicio de un expresidente de la República; por ejemplo, por el favorecimiento al paramilitarismo por acción u omisión".
El jefe del ente acusador señaló que, en el caso de los soldados que se acojan a la justicia transicional y no adquieran el rango de máximos responsables, cesaría la acción penal por los delitos que hubiesen cometido en el marco del conflicto armado.
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Finalmente, Montealegre manifestó que no todos los agentes del Estado que cometieron los denominados 'falsos positivos', pueden ingresar a los beneficios de la justicia transicional, ya que deben ir a un filtro en el que se analice caso por caso.