Dentro de las modificaciones de Martínez se encuentra la salida del cargo de la directora de Apoyo a la Gestión, Marcela Yepes, quien manejada el presupuesto de la entidad y era considerada una de las funcionarias claves del exfiscal general Eduardo Montealegre.
En su reemplazo llegará José Tobías Betancourt, quien deberá emprender los planes de Néstor Humberto Martínez sobre una austeridad en la Fiscalía sin excesos, en materia de contratación.
Además, llega al ente acusador Eduardo Charry, quien asumirá la Dirección de Recursos Humanos.