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La gran mayoría de los procesos penales que estaban en estado de indagación obedecían a denuncias que fueron radicadas cuando Londoño fue gobernador de Boyacá durante el periodo comprendido entre 2004 a 2007.
Una de las investigaciones estaba en la Fiscalía Seccional de Boyacá, específicamente en la Unidad de Administración Pública de Tunja, despacho de la Fiscalía Quinta, por el delito de contrato de requisitos legales en el año 2014.Otra de estas se encontraba en el Nivel Central de Fiscalías en el Despacho del fiscal general de la Nación por el fuero constitucional; en la Fiscalía 11 por el delito de fraude a resolución judicial, también a partir de una denuncia de 2011.
Entre tanto, en el 2015 la oficina de la Fiscalía General de la Nación adelantaba una investigación en su contra por el delito de peculado culposo, indagación que estaba en el despacho de la Fiscalía Quinta.
Una de las indagaciones archivadas por la Fiscalía obedecía por a una compulsa de copias que se registró en 2010 por delitos contra la administración pública, caso que permanecía en la Fiscalía Séptima del despacho del fiscal general de la Nación, nivel central.
Las otras investigaciones que se venían adelantando eran por delitos como: prevaricato, abuso de autoridad, contrato sin cumplimiento de requisitos legales, entre otros.
Jorge Londoño, ministro de Justicia, habló con LA F.m. al respecto. Según dijo, sus diversos cargos fueron asumidos con transparencia
