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El general Tony Thomas desmintió que la decisión responda a la voluntad de lograr el respaldo de Rusia para establecer un alto el fuego en el suroeste de Siria.
"Se dio, creo, en base a una evaluación del programa", explicó.
Interrogada acerca de los comentarios de Thomas, la CIA se negó a emitir comentarios.
El diario The Washington Post señaló el miércoles que los programas encubiertos de la agencia iban a ser cerrados.
Según el periódico, el presidente Donald Trump tomó la decisión hace casi un mes, después de una reunión con el jefe de la CIA, Mike Pompeo y el asesor de Seguridad Nacional, HR McMaster.
El Post señaló que Trump tomó esta determinación en un intento por encontrar maneras de trabajar con Rusia en Siria, donde Moscú apoya al gobierno de Asad.
Trump ha dicho que el principal objetivo de Estados Unidos en Siria es la eliminación del grupo Estado Islámico (EI), y no apoyar a la oposición al régimen de Assad.
El alto el fuego, que cubre parte de la zona desde la que operan los rebeldes, fue anunciado el 7 de julio en la cumbre del G-20 en la ciudad alemana de Hamburgo.
El programa de ayuda a los rebeles fue aprobado en 2013 por el gobierno de Barack Obama.
Miles de combatientes contra el gobierno sirio fueron entrenados y armados.
Pero el compromiso de Estados Unidos seguía siendo ambiguo, en medio de las dudas de algunos sectores sobre las opciones de los rebeldes para deponer a Asad.
La atención se centró entonces en el creciente poder del EI en Siria e Irak, que fue severamente erosionado con las caídas de feudos yihadistas como las ciudades de Mosul y Raqqa.
Funcionarios estadounidenses dijeron esta semana que algunas de las fuerzas anti-Asad podrían haber sido absorbidas en grupos de apoyo militar de Estados Unidos lucha contra el estado islámico.
Con información de AFP
