La Secretaría de Ambiente, inició dos indagaciones preliminares en contra de la Fundación Humedal la Conejera, por presuntos daños ambientales irreversibles e irregularidades administrativas de la Fundación.
Por otro lado, la Fundación presuntamente realizó la construcción de una vivienda y posteriormente habitó la casa en área protegida, además de la tala indiscriminada de árboles en 6 mil metros cuadrados.
De resultar probados los hechos denunciados la Fundación, podría acarrear sanciones tales como: la modificación de las clausula estatutarias, cancelación de la personería jurídica, decreto de disolución y orden de liquidación de la Fundación.